Rendezvous und Docking liefen in verschiedenen Phasen und über sogenannte imaginäre Haltepunkte. Das ATV befand sich zu Beginn des Andockmanövers an einem Punkt 39 Kilometer hinter und fünf Kilometer unterhalb der ISS. Begonnen hatte der Anflug zur Raumstation gegen 12.38 Uhr (MEZ). Unterstützt wurde "Johannes Kepler" dabei von mehreren Systemen: Eine Funk-Verbindung zum russischen Modul, der sogenannte Proxy-Link, war ebenso aktiv wie das relative GPS. Hierbei werden die über das satellitengestützte globale Navigationssystem gewonnenen Positionsdaten von ISS und ATV vom ATV-Bordrechner ausgewertet und verglichen. Sie dienen zur Feinjustierung der ATV-2-Position. Das russische KURS-Radar unterstützte die Navigation ab einer Entfernung von etwa 3,5 Kilometern. Auf den letzten 250 Metern zur ISS sendete ein Lasersystem Impulse an die Reflektoren des russischen Swesda-Moduls und berechnete die Lage anhand der reflektierten Signale. Auf den letzten 50 Metern navigierte das ATV-2 schließlich noch mit einem Videosystem. Insgesamt dreieinhalb Stunden dauerte das Manöver, bei dem der fast 20 Tonnen schwere Transporter mit einer Genauigkeit von fünf bis acht Zentimetern andockt.